میرویس افغان که به دربار صفویه رسوخ کرده بود، بر آن شد که به شورش افغانها در قندهار علیه حکومت مرکزی درایران صبغه ای دینی بدهد، زیرا انگیزه دینی شورش می توانست اتحادی میان همه اقوام افغان به وجود آورد و آنان را به اطاعت کورکورانه از رهبر شورش وادار کند. اعلام مذهب رسمی که در آغاز و در دوره شکوفایی فرمانروایی صفویان در رویارویی با خلافت عثمانی، نقطه قوتی برای نظام حکومتی ایران به شمار می آمد، با چیره شدن ضعف بر ارکان آن به نقطه ضعفی جدی تبدیل شد.
نکته دیگری که دو سرسو با تفصیل بیشتری در مقایسه با دیگر سفرنامه نویسان می آورد، وجود تفرقه در میان مردم شهرهای ایران و نیز در میان کارگزاران دولتی است. چنان که شوکران تفرقه تا جایی در همه ارکان حکومت رخنه کرده بود که فروپاشی نظام حکومتی امری اجتناب ناپذیر می نمود. در همه نوشته های تاریخی ایران و سفرنامه های اروپایی اشاره هایی به وجود تفرقه در میان کارگزاران حکومت ایران و پی آمدهای نامطلوب آن آمده است، اما در این مورد نیز پدر کروسینسکی در گزارش خود از اوضاع ایران در آستانه یورش افغانان نکته های قابل تاملی آورده است. همه سفرنامه نویسان به کاربرد اصل «تفرقه بینداز و حکومت کن!» به عنوان نظریه حکومتی صفویان اشاره کرده و آن را از بدعت های شاه عباس شمرده اند. شاه عباس برای این که بتواند پایه های فرمانروایی خود را استوار کند، به اختلاف های میان گروه های ساکن در محله های شهرهای ایران دامن زد و این اختلاف به ویژه در مراسم عزاداری ماه محرم شدت بیشتری پیدا می کرد تا جایی که در مواردی نیروهای انتظامی برای حفظ آرامش مجبور به مداخله می شدند. دو سرسو می نویسد که شاه عباس تصور می کرد که هیچ وسیله ای به اندازه دامن زدن به تنش های میان دو فرقه ای که شهر را میان خود تقسیم می کردند و کینه ای که میان آنان وجود داشت، موجب تثبیت حکومت نمی شود و شگفت این که این تدبیر در اداره کشور موثر می افتاد.
در آغاز، فرقه های مخالف با چوب و چماق به یکدیگر حمله می کردند، اما در زمان شاه سلطان حسین که قدرت مرکزی مقتدری وجود نداشت، همان فرقه ها با استفاده از سلاح های کشنده تر به پیکار می پرداختند و والیان شهرها نیز این امر را به وسیله ای برای اخاذی تبدیل کرده بودند:
نخست، والیان توسط عوامل نفوذی خود به درگیری ها دامن می زدند و آن گاه از هر دو طرف جریمه ای سنگین می گرفتند. به گفته کروسینسکی، در محاصره اصفهان، در چند فرسخی پایتخت، لرها و بلوچ ها زندگی می کردند که مردمانی بسیار شجاع و جنگجو بودند و هر یک از آن دو قوم می توانست بیست هزار مرد جنگی به میدان نبرد بیآورد که برای شکست محاصره اصفهان کافی بود، اما هر یک از آن دو قوم نیز به دو فرقه مخالف تقسیم شده بود و همین دشمنی در میان آنان موجب شد که نتوانند برای مقابله با افغانان به طور متحد با هم وارد جنگ شوند. هر یک از آن دو فرقه می خواست دیگری را از میدان خارج و بیشترین سهم از افتخارات را نصیب خود کند. کروسینسکی با یادآوری نکته هایی در باره جایگاه تفرقه در میان مردم و نظام حکومتی ایران، به اجمال می نویسد که کینه یا در بهترین حالت نوعی وحشت نسبت به هر چیزی که به فرقه مخالف تعلق داشت، با شیر در جان کودکان وارد می شد.
شعار «تفرقه بینداز و حکومت کن!» که در اوج شکوفایی شاهنشاهی صفویان به اصل حکومتی و تدبیر در کار ملک تبدیل شده، شمشیر دو دمی بود که مایه استواری شالوده فرمانروایی شاه عباس بود، اما با ضعف حکومت مرکزی این اصل نیز به یکی از عمده ترین علل انحطاط ایران تبدیل شد. کروسینسکی می نویسد:
دامن زدن به تنش های درونی کشور از آن نوع ماشین هایی بود که به حرکت در آوردن آن به دست هایی ماهر نیاز داشت و همان طور که تا زمانی که فنرهای آن به خوبی نگهداری شده باشد، خوب کار خواهد کرد، در صورتی که بر اثر بی توجهی و بی مبالاتی کسانی که اداره آن فنر را به دست دارند، نظم آن ها بر هم نخورد، نابسامانی هایی از آن تولید خواهد شد.
پیش از یورش افغانان، زمینه های درونی سقوط شاهنشاهی صفویان آماده شده بود. ایران آبستن حوادث بود، شاه سلطان حسین را بر اثر سست عنصری و بی لیاقتی، روزگار تیره شده بود و آن می کرد که او را به کار نمی آمد. ماجرای یورش افغانان زمانی آغاز شد که حکومت مرکزی گرگین خان نامی را به حکومت قندهار گماشت. این گرگین خان از اعیان گرجستان بود که از زمان شاه عباس بزرگ یکی از ولایات ایران بزرگ به شمار می آمد. در زمان شاه سلطان حسین گرگین خان با استفاده از ضعف دربار علم طغیان برافراشت تا گرجستان را از یوغ حکومت مرکزی ایران آزاد کند. شاه به موقع لشکری گران به سرکوبی گرگین خان گسیل داشت، اما بیشتر از آن مبالغی هنگفت به بزرگان گرجستان پرداخته شد تا از حاکم ایالت حمایت نکنند، چندان که گرگین خان در خطر قرار گرفت و متواری شد، اما با وساطت برادرش که در دربار ایران منصب دیوان بیگی داشت، مورد عقو قرار گرفت و به تختگاه صفویان آمد. در این زمان، خان مغول که از پنجاه سال پیش از آن، سلطه خود را بر قندهار از دست داده بود، به عملیات ایذایی آغاز کرد و در دربار ایران گرگین خان را که سرداری کارآمد بود، به قندهار گسیل داشت. گرگین خان به فرماندهی سپاهیان گرجی منصوب شد و با معاونت برادرزاده خود، خسروخان، خطر خان مغول را دفع کرد و آرامش به قندهار برگشت. بر اثر کاردانی گرگین خان، مناسبات او با دربار بهبود پیدا کرد و به ویژه زمانی که گزارش هایی در باره خطر میرویس در قندهار به دربار فرستاد، بسیار حسنه شد.
گرگین خان که دو سرسو او را «مردی روشن بین، زیرک و با حمیت در مصالح حکومت» توصیف کرده است، شالوده اقتدار حکومت مرکزی را در قندهار استوار کرد و دریافت که افغانان مردمانی ناراحت، پرجنب و جوش و دارای طبعی جنگاورند و به گفته دو سرسو «تنها زمانی رضایت خاطر پیدا می کردند که به همسایگان خود حمله می بردند». این مردم شجاع و مصمم زمانی که سرداری توانا آنان را رهبری می کرد و از توانایی های خود آگاهی پیدا می کردند، به خطری بزرگ تبدیل می شدند. میرویس که کلانتر قندهار بود و به خاطر حسن سلوک خود در میان اهالی قندهار، به مردی محبوب تبدیل شده بود، در نظر گرگین خان مردی خطرناک جلوه کرد و حاکم ولایت بر آن شد که او را از قندهار دور کند. گرگین خان در گزارش خود به شاه از سوء ظن خود نسبت به میرویس سخن گفت و پیشنهاد کرد که او را به اصفهان تبعید کند. کروسینسکی می نویسد که در چنین مواردی «در عثمانی چنین عمل نمی کردند، بلکه برای فرستادن سر میرویس دستور صریح صادر می کردند»، اما از دربار ایران چنین دستوری صادر نشد. دو سرسو با بیان این نکته به یکی از تعارض های درونی نظام حکومتی ایران اشاره می کند. او به درستی می گوید که اگر چه نظام حکومتی ایران خودکامه بود، اما همین نظام خودکامه با ملایمت و اعتدال خاصی اعمال می شد. گرگین خان میرویس را به دربار فرستاد و شاه تذکر داد که اگر می خواهد قندهار از دست او خارج نشود، نباید به او اجازه بازگشت به قندهار بدهد. شگفت این که میرویس مظنون که می بایست در اصفهان تحت نظر باشد، بر اثر حیله و تدبیر خود توانست نه تنها به دربار راه پیدا کند، بلکه به گفته کروسینسکی به محرم راز وزیران و بزرگان تختگاه تبدیل شود و پیوسته در پذیرایی های آنان حاضر باشد. تبعید اجباری میرویس به اصفهان و اقامت در دربار برای او که مردی زیرک بود و سودای بزرگی در سر می پخت، فرصت گرانبهایی بود تا اوضاع دربار ایران را زیر نظر داشته باشد. او در زمان اقامت در دربار به ویژه «مخالفت ها و کینه های دو فرقه» از درباریان و کارگزاران نسبت به یکدیگر را از نزدیک مورد بررسی قرار داد و به گفته دو سرسو به محض اطلاع پیدا کردن [از دسته بندی های میان درباریان] تصمیم گرفت تا با نفوذ در میان آنان از هر دو طرف استفاده کند و راه خود را با چنان مهارتی هموار کرد که هیچ یک از طرفین نتوانستند نسبت به او سوء ظن پیدا کنند.
میرویس پس از اقامتی در دربار، به قصد زیارت مکه عازم حجاز شد. این سفر به سبب پی آمدهایی که داشت، یکی از نقطه عطف های یورش افغانان بود و دو سرسو آن را «زمان نخستین ضربه ای» می داند که میرویس بر پیکر شاهنشاهی ایران وارد کرد و هم او می گوید که آن زیارت «سرچشمه همه حوادثی بود که از آن پس فروپاشی کشور را به دنبال آورد» میرویس بر آن شده بود که به شورش خود علیه حکومت مرکزی صبغه ای دینی بدهد، زیرا انها انگیزه دینی شورش می توانست اتحادی میان همه اقوام افغان به وجود آورد و آنان را به اطاعت کورکورانه از رهبر شورش وادار کند. اعلام مذهب رسمی که در آغاز و در دوره شکوفایی فرمانروایی صفویان در رویارویی با خلافت عثمانی، نقطه قوتی برای نظام حکومتی ایران به شمار می آمد، با چیره شدن ضعف بر ارکان آن به نقطه ضعفی جدی تبدیل شد. به گفته دو سرسو، در زمان شاه عباس نیز علمای مکه فتوایی مبنی بر جواز قیام به سیف علیه رافضیان صادر کرده بودند. در آن فتوای علمای حجاز آمده بود که «اگر مسلمانی یک مسیحی محارب را بکشد، یک ثواب کرده است، اما کسی که یک ایرانی را بکشد، ثوابی کرده است که اجر آن هفتاد بار بیشتر است».